Este Cuerpo Académico, se ha distinguido por una dinámica de productividad Nacional e Internacional; el cual está conformado por el Dr. Ramiro Rico Martínez (SNI nivel II), Dr. Hugo Jiménez Islas (SNI, nivel II), Dr. José Luis Navarrete Bolaños (SNI, nivel I), Dr. José Enrique Botello Álvarez (SNI, nivel I) y la Dra. Marcela Cárdenas Manríquez (SNI, nivel I).

La Ingeniería Bioquímica consiste en el desarrollo de procesos biológicos en una escala industrial, proporcionando la unión entre las ciencias de la vida y la Ingeniería Química. Desde su implantación en México, la Ingeniería Bioquímica se concibió de una manera integral y con una visión que es, en general, mucho más amplia y ambiciosa que la que se aplica en otros países.

Los Cuerpos Académicos (CA), son grupos de profesores de tiempo completo que comparten una o varias Líneas Innovadoras de Investigación Aplicada y Desarrollo Tecnológico, mismas que se orientan principalmente a la asimilación, desarrollo, transferencia y mejora de tecnologías existentes así como un conjunto de objetivos y metas académicas comunes. El CA trabaja en proyectos de investigación que atiende necesidades concretas del sector productivo y participa en programas de asesoría y consultoría a dicho sector. Adicionalmente, sus integrantes atienden los programas educativos afines a su especialidad (SEP-PROMEP, 2014).

El CA de Bioingeniería del Instituto Tecnológico de Celaya se creó en 2006 y su función es desarrollar, diseñar, mejorar y optimizar procesos para el aprovechamiento sustentable de recursos biológicos con interés en aplicación industrial. Lo anterior se puede solventar mediante el trabajo interdisciplinario, ya que el desarrollo de procesos productivos es una actividad integral que incluye desde el diseño o búsqueda del organismo productor hasta la evaluación técnica-económica del proceso tecnológico desarrollado, pasando por la expresión y aislamiento del metabolito hasta el diseño termodinámico de los procesos biológicos.

Dentro de los principales tópicos de investigación del Cuerpo Académico están: aislamiento, selección, identificación y cultivo de microorganismos con aplicaciones industriales, desarrollo de ingeniería de procesos, diseño termodinámico de biorreactores,  fenómenos de transporte en medios multifásicos, modelación matemática y simulación de procesos, diseño y análisis de experimentos, tecnología de enzimas, optimización de consorcios microbianos en Bioprocesos, con la finalidad de contribuir a la solución de problemas reales del entorno del estado y del país, mediante la generación de nuevos procesos y productos que contemplen el uso de agentes biológicos, así como la formación de capital humano de alto nivel.

El CA de Bioingeniería se ha distinguido por una dinámica productividad en artículos científicos, capítulos de libros, literatura de divulgación, participación en foros científicos prestigiados tanto nacionales como extranjeros. Un importante esfuerzo de esta línea de investigación es el desarrollo de tecnología y en este rubro se han obtenido éxitos relevantes como son la transferencia tecnológica a una empresa estadounidense de colorantes (Procesamiento de Flor de cempasúchil); así como la construcción de una planta piloto para el aprovechamiento de agave en sociedad con una empresa local que derivo en el desarrollo de una nueva empresa comercializadora de mezcal.